Het Harvard University Museum of Natural History heeft een aantal kleinere musea onder zijn beheer:
• Het Peabody Museum of Archaeology and Ethnology met een mooie collectie Indiaanse kunst (waaronder
een aantal totempalen die Lewis & Clark van hun beroemde expeditie meenamen) en de Mayan Collection
met prachtige Maya kunst.
• Het Botanical Museum met een unieke collectie Blashka Glass Flowers; glasgeblazen bloemen.
• Het Museum of Comparative Zoology met een indrukwekkende collectie dino-fossielen.